發信人: firefly (再見)    看板: mr90
日期: Mon Nov 11 17:22:53 2002
標題: 【疾風剋星】基因定址 比國外快數百倍 

　　邱俊吉／台北報導　我國中央研究院研究出一套基因定址技術「UM 
method」，運用於人類的「體質」比對工作，速度比國外生醫界奉為圭臬的軟體
「疾風」BLAST快了數百倍，因而獲「疾風剋星」的雅號，是台灣基因科技難
得成就。 

　　黃明經表示，人類基因體草圖完成後，一個重要的後續工作，便是找出人與
人之間在基因體上不同的地方，即變異，其中單核甘酸變異 SNP是最主要的變
異，簡單說，SNP代表 

　　BLAST是「Basic Local Alignment SearchTool」的縮寫，為國際間經典級的生
物資訊軟體，它的主要功能在於提供基因序列的快速比對，在序列資料庫搜尋的
表現也很強，美國生物科技資訊中心已將此方法建為資料庫搜尋引擎，並放上網
路，提供全球服務。 

　　「UM method」由生醫所副研究員黃明經及數名助理完成，發表後，經國外
「基因科技」期刊讚譽，已引起國際迴響，黃明經表示該技術是「窮人的BLAST」，
不必高速電腦，用幾台PC運算，一天內就能完成以往技術耗時一年的工作。 

　　「UM method」之所以被國外稱為BLAST剋星，在於這樣的工作，中研院只
利用四台滿陽春的個人電腦(1G Hz CPU、512MB記憶體、硬碟40G)，在不到一
天的時間就全部做完了，且定址的SNP數量比美國生物科技資訊中心多出五％，
並有超過九十九％的定址和美國生物科技資訊中心一致。 

　　黃明經指出，通常的作法是將每一筆SNP序列和人類基因體以BLAST比
對，並以比對結果來決定該SNP在基因體上的位置，這樣的工作在工作站上執
行，仍需整年不眠不休運算，尋常實驗室沒能力這樣做。 

　　人類基因體常見的SNP有好幾百萬，如何處理這龐大的資料並註解，是生
物資訊的大挑戰，而定址SNP，即找出SNP序列在基因體上的位置，便是註解
SNP的首要工作，這和定序不同，定序靠定序實驗，定址則靠電腦計算。所謂的
「體質」，把所有常見的SNP找出來後，便可透過統計以SNP將「體質」量化、
分類，更重要的，是利用每個人的SNP，來預測哪些人較易得哪些疾病，及其對
藥物會有何種反應等等。

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                燃燒小小的身影在夜晚
                  為夜路的旅人照亮方向
                    短暫的生命努力地發光
                      讓黑暗的世界充滿希望   

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